Het bekken van de Gentse Kanalen is geen mooi afgebakend stroomgebied van een rivier. Het is een samensmelting van (delen van) kanalen en hun afwateringsgebieden. Het grootste deel van het bekken ligt binnen de provincie Oost-Vlaanderen. Enkel het bovenstroomse deel van de Poekebeek ligt in West-Vlaanderen. 22 gemeenten behoren (deels) tot het bekken van de Gentse Kanalen.
Het bekken bestaat uit een verscheidenheid aan regio’s, elk met hun eigenheid, problemen en kansen. In het ene gebied ligt de nadruk op waterkwantiteit, in een ander gebied op waterkwaliteit of ecologie.